本編地下は本編の洞窟へ入る瞬間から脱出する瞬間までのお宝回収価値とタイムを競う擬似チャレンジモードです。 初期ピクミンはその洞窟へ入る時点で仲間にしているピクミンであれば自由に編成できます（グリッチを使って仲間にしたピクミンを除く）。 適用できるお宝探査キットには制限があります。詳しくは「ルールを確認」ボタンを押して詳細を確認してください。 スコアは「お宝価値×10＋脱出時ピクミン数×10＋（制限時間 - 残り時間）÷２の切り捨て」です。